21世(shì )纪初(chū )，人类将(jiāng )多数人(🎾)留在被哥(gē )(⛏)斯(🥫)拉蹂躏的地球(qiú )上，仅使被选(⛳)中的人们乘(chéng )上恒星间移民船(chuán )·阿(ā )拉(🗳)特拉姆(mǔ )(❕)，前往能够移(yí )居的(🛎)“约定之地(😊)·τ星e”。但这一计划(huá )失(🌪)败，人类(💹)只得(dé )再度返回地(🙎)球。而长距(jù )离(📧)亚空间航行所引(yǐn )(👌)发的(📸)时(shí )空(🔷)歪曲，导(dǎo )致人类回到的(de )地方(fāng )变成了“两万年后的地(dì )球(qiú )(🚡)”。在这个地球，主人公·晴男等人(rén )在(zài )遭受(shòu )哥斯拉(lā )袭击的(🤼)同时，与埃克(kè )西(😉)弗、比尔沙尔德(💁)两种族的异星(xīng )人共同实行谋(móu )(💕)划了(🚪)20年的“对(duì )哥(gē )斯拉(🏡)战术”，通(tōng )过(guò )殊(🍾)死(sǐ )战斗成功击倒了哥斯(🍉)拉。
　(🤯)　但喜悦并未持(🎁)续多久，深藏地(dì )下的(de )真正(🈹)哥斯(sī )拉“哥斯(sī )拉·地球”现(xiàn )身(🍢)了。两万年间(😓)持(👌)续成长(zhǎng )生(shēng )存、身(shēn )高300米(🕝)、质量(liàng )超过10万吨(😞)，在进化(➗)成这种姿态(tài )的超(🤮)巨(🛰)大(dà )哥斯拉(🗻)压(yā )倒性(🔝)的破坏(🧜)力面前，晴男等(🕎)人落花流水。
　　拯救了晴男的(💺)是(🛴)被视为人类的残(🔛)存(🗝)者(😿)“弗图亚(yà )”之民(🎯)，米亚娜。弗(📼)图亚是他(tā )们在这个(gè )地球首次遇到(🎙)的(de )人型生命种族(❤)。他们(➖)会(⚡)是人类的(de )子孙吗——。“弗图亚的神也被(bèi )哥斯拉击(jī )破(📫)，如(rú )今只剩(shèng )(😙)下卵。挑(tiāo )战者、抗争者，全部(🔓)被(bèi )(👽)火焰(yàn )吞(tūn )噬而(ér )消(xiāo )(🎶)失了”面对这样的(😾)他(🍉)们，晴男回应道(💝)“这是以人类的双手夺回地(👲)球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔(🌁)沙(shā )尔德的指挥官(guān )·(💵)加(🛴)尔(👍)格，注意到(🈳)弗图亚(⏳)使用的箭(🌯)头是(shì )由“自律思考金属体·纳米金属”所制(zhì )造(zào )而欢喜。这(zhè )和(hé )21世纪他(tā )们在富(fù )士山(shān )麓(🈸)作为“对(🐆)哥斯拉决战兵器(😁)”所开发、(🤤)在启动(😜)前遭到破坏的“机械哥(gē )斯(🏴)拉”由同种(🤼)物质所构成。这正是(🍑)当时(🤫)的(de )开发(fā )设备至今仍然残(🐢)存的证明(🤕)——。